来源于动、植物的残体及其排泄物，施于土壤为植物生长发育提供营养的含碳物料,都叫有机肥。目前在生产上使用的有机肥主要有农家肥、商品有机肥和生物有机肥三大类。它们的共同特点是：养分全面，肥效长，能改良土壤、培肥地力、增加产量、提高品质；但养分含量低、释放缓慢。
农家肥是农民自制的有机肥。主要种类有堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆等。目前存在的主要问题是：往往未经充分腐熟、有害重金属和有害生物含量超标。
商品有机肥的标准，对有机质含量、氮磷钾总养分含量、水分含量、酸碱度四项技术指标有要求，对砷、汞、铅、铬、镉五种重金属有限量指标要求，对粪大肠菌群和蛔虫卵死亡率两类有害生物有指标要求。
生物有机肥是指具有特定功能的微生物与经无害化处理、腐熟的有机肥复合而成的兼具微生物肥料和有机肥料效应的肥料。它与有机肥所不同的标准要求，主要是有效活菌数必须≥0.20亿/克。生物有机肥的作用主要是改善作物根际的微生物种群、提高作物的抗病虫能力、促进和提高化肥的利用率。
施用有机肥的注意事项：一是农家肥一定要经过充分腐熟后才能施用；未腐熟的农家肥施用过多容易烧苗。二是秸秆粉碎还田要短、细、碎，但数量不宜过多，否则也容易烧苗。三是生物有机肥施的不易过深，因其活性必须在一定的温度、湿度、透气性的条件下才能实现。四是生物有机肥不宜与化肥混施，最好单独施用。五是生物有机肥不宜在太阳下直晒，不能与杀菌剂同时使用，因太阳的紫外线和杀菌剂能杀死其中的微生物。